Theo quyết định số 2585/QĐ-BNN-TCCB ngày 27/9/2005 của Bộ Nông Nghiệp & Phát Triển Nông Thôn về việc thành lập Trung tâm cứu hộ và bảo tồn động vật hoang dã quý hiếm Cúc Phương. Cho đến nay Vườn đã xây dựng được hệ thống chuồng trại cũng như đội ngũ kỹ thuật đủ điều kiện để cứu hộ và chăm sóc nhiều loài động vật hoang dã tại Trung tâm. Trải qua nhiều năm thực hiện, Trung tâm đã cứu hộ và nuôi giữ bảo tồn nguồn gen hàng ngàn cá thể của hơn 50 loài động vật hoang dã sinh trưởng và phát triển tốt. Ngày 17 tháng 8 năm 2012 Hạt Kiểm lâm Thành phố, Chi Cục Kiểm Lâm Lạng Sơn đã đề nghị Vườn Quốc Gia Cúc Phương về việc cứu hộ 01 cá thể Voọc đen má trắng (Trachypithecus francoisi). Với chức năng nhiệm vụ được giao, Vườn Quốc Gia Cúc Phương đã tiếp nhận 01 cá thể Voọc đen má trắng trên để cứu hộ và bảo tồn trong điều kiện nuôi nhốt. Tình trạng sức khỏe của cá thể Voọc đen má trắng rất tốt. Hiện tại, cá thể Voọc đen má trắng đang được cách ly, chữa trị bệnh và chăm sóc. (Ảnh: Lương Văn Hiến).

Hưởng ứng Tết trồng cây đầu xuân năm mới, sáng ngày 18/2/2013 Vườn quốc gia Cúc Phương đã tiến hành trồng một số loài cây như Chò chỉ, Kim giao, Giổi xanh tại khu hành chính dịch vụ nhằm bảo tồn nguồn gen và lục hóa cảnh quan của Vườn.

Ngày 13 tháng 10 năm 2013, danh hài Xuân Bắc và 40 em nhỏ thành viên của Câu lạc bộ Xuân Bắc đã tới tham quan Vườn quốc gia Cúc Phương và Trung tâm bảo tồn rùa Cúc Phương (TCC)

Từ ngày 21 - 23/8/2013 Trung tâm DLST&GDMT - Vườn quốc gia Cúc Phương tổ chức lớp tập huấn cho lực lượng hướng dẫn viên của Vườn với nhiều chủ đề khác nhau. Đây là hoạt động được tổ chức hàng năm nhằm bổ sung kiến thức cho các hướng dẫn viên.

Một sự kiện quan trọng trong công tác bảo tồn các loài động vật hoang dã quý, hiếm của Việt Nam nói chung và Vườn quốc gia Cúc Phương nói riêng, được sự cho phép của Chính phủ Việt Nam, ngày 19/8/2013 Vườn Quốc Gia Cúc Phương tổ chức tiếp nhận 71 cá thể Rùa trung bộ (Mauremys annamesis), một loài rùa đặc hữu, quý hiếm của Việt Nam do Vườn thú Rotterdam- Hà Lan và Vườn thú Munster - Cộng hòa liên bang Đức cứu hộ, nhân nuôi sinh sản chuyển giao. Những cá thể rùa đặc hữu, quý hiếm này sẽ được chăm sóc, nuôi dưỡng tại Chương trình bảo tồn rùa Cúc Phương phục vụ cho công tác bảo tồn nguồn gen các loài động vật hoang dã quý hiếm ở Việt Nam và trên thế giới.

Từ năm 2007 - 2011, Vườn Quốc Gia Cúc Phương tiến hành thực hiện Đề tài “Nghiên cứu một số đặc điểm sinh vật học các loài Tuế Cúc Phương, sưu tập và trồng bảo tồn các loài Tuế miền Bắc Việt Nam tại Vườn quốc gia Cúc Phương” (Ảnh: Nguyễn Mạnh Cường)